Tomás Morales Pérez nació en Macuto (Venezuela) el 30 de octubre de 1908. Fue el décimo de doce hermanos. Sus padres, originarios de la isla canaria de La Palma, habían ido al país sudamericano por motivos de trabajo. Sin embargo, cuando Tomás contaba sólo un año, la familia Morales Pérez regresó a España y se instaló en Madrid. Estudió en el colegio de Nuestra Señora del Recuerdo de Chamartín, de los jesuitas y después cursó la carrera de Derecho en la Universidad de Madrid.
Tenía intención de dedicarse a la política y obtener una cátedra. En 1927 realizósus primeros Ejercicios Espirituales, que supusieron un profundo impulso a su vida cristiana. Perteneció a los Estudiantes Católicos y fue presidente de su federación madrileña. Allí desarrolló una intensa y a menudo valiente actividad en medio de un ambiente estudiantil turbulento a causa de las influencias del marxismo. La Asociación Católica de Propagandistas y su fundador, Ángel Herrera Oria, dejaron en él una huella fundamental que quedó reflejada en su obra posterior. En 1931 obtuvo una beca para estudiar en Bolonia, donde se doctoró en Derecho, con una tesis sobre el impuesto de sucesión en España.
En 1931 recibe la carta de un amigo que acababa de entrar en la Compañía de Jesús. Sus palabras sobre la vocación supusieron un aldabonazo definitivo en su vida y le deciden a ingresar en los jesuitas. La Compañía, expulsada de España por la II República, tenía su noviciado en Chevetogne (Bélgica). Allí marchó el P.Morales. En 1939 regresará a España, a Granada, donde será ordenado sacerdote el 13 de mayo de 1942.
Desde 1946, el P.Morales se dedicará a predicar tandas de Ejercicios Espirituales a empleados. Los frutos de su trabajo no tardarán en plasmarse en una obra, elHogar del Empleado, un movimiento apostólico de gran vitalidad que dio lugar a múltiples obras sociales.
El Hogar del Empleado dio a la Iglesia numerosas vocaciones sacerdotales, religiosas y contemplativas masculinas. Pero entre los empleados pronto empezó a surgir un deseo que varios de ellos expusieron al P.Morales de forma simultánea, sin tener noticia de que no eran los únicos en experimentarlo. Deseaban consagrarse a Dios en el mundo, sin dejar su profesión y su condición laical.
Prudentemente, el Padre los hizo esperar para discernir la autenticidad de la vocación, pero pronto se dio cuenta de que, sin proponérselo, el Señor lo llamaba afundar un Instituto Secular. Surgió así la rama masculina consagrada, dirigida por Abelardo de Armas. Años más tarde, fueron las empleadas las que le pidieron realizar una obra semejante para la mujer, de donde nació el instituto secular de las Cruzadas de Santa María.
Años más tarde, surgieron los Hogares de Santa María, rama matrimonial de su obra. Consagró su sacerdocio a la animación de los laicos, dedicando miles de horas a la dirección espiritual y dirigiendo más de 500 tandas de Ejercicios.
El Padre Morales murió en la fiesta de Santa Teresa del Niño Jesús, el 1 de octubre de 1994 en Alcalá de Henares. Su proceso diocesano de beatificación se inició el 24 de junio de 2000 en Madrid y se clausuró el 18 de marzo de 2007. Las siguientes etapas del proceso se están realizando en Roma.
En la actualidad el instituto secular Stabat Mater alienta el deseo de los jóvenes de la Milicia de aspirar a la santidad en medio del mundo con un carisma propio y específico, que hace referencia al patrimonio carismático y espiritual del siervo de Dios P. Tomás Morales S.J.