El padre Tomás Morales dirigió más de 500 tandas de Ejercicios a lo largo de su vida. Era consciente de la capacidad que tiene este instrumento para convertir el alma a Dios. Por eso los Ejercicios Espirituales son nuestro principal apostolado.

Se trata de tandas ignacianas, es decir, que siguen el esquema de san Ignacio de Loyola, el creador de los Ejercicios; son internas y en silencio. 

Los Ejercicios Espirituales son una escuela para la vida. Nos enseñan para qué hemos sido creados, cuál es nuestro fundamento, y nos ayudan a contemplar a Cristo en los distintos momentos de su vida, especialmente en su muerte y resurrección, para que, por medio de esta contemplación, nuestra vida cambie y nos transformemos en aquello que contemplamos.

«Los Ejercicios Espirituales de Ignacio son para perder el amor propio y ganar el amor de Dios, para quitar de sí todas las afecciones desordenadas y después de quitadas buscar y hallar la voluntad de Dios en la disposición de mi vida. Son para volver a hacerse como un niño. Porque si no volvéis a ser como niños, no entraréis en el reino»            

(P. Morales)

Los Retiros son el complemento de los Ejercicios Espirituales, por ello el P. Morales los llamaba también "día mensual de Ejercicios".

Se trata de prolongar y profundizar en la experiencia vivida en los Ejercicios, para mantener encendida la llama de la intimidad con Dios, y el ímpetu apostólico.

Se realizan en una casa de Ejercicios, procurando la soledad y el silencio, y consisten en una serie de meditaciones y pláticas enmarcadas muchas veces en los misterios del ciclo del año litúrgico.